孝宗的嫡長子名愉，母親是郭皇後。幹道元年(1165)，立為皇太子，冊封廣國夫人錢氏為太子妃。
太子賢惠厚道，太上皇與皇帝都很喜歡他。
幹道三年秋，太子生病，醫生誤用藥，病情加劇。太上皇與皇帝親自探望他的病情，為此大赦天下。過三天後去世，終年二十四歲，諡號莊文。
趙惇是宋孝宗的第三子，按理說，太子的地位本來輪不到他，可是趙惇太能裝了，他的榜樣就是隋朝時的楊廣，在父皇面前，表現得畢恭畢敬，勤奮好學。父親偶有風寒，趙惇比自己得病還著急，忙前跑後，親嘗湯藥。趕上孝宗心情好時，趙惇也喜形於色，要是孝宗情緒低落時，趙惇就會唉聲嘆氣，愁容滿面。趙惇還時常在自己的詩中稱頌父親的豐功偉業，這一切都讓孝宗非常滿意。
不過宋孝宗絕不會想到，自己的兒子是一個天生的影帝級人物，之所以這麼做，就是為了爭取父皇的賞識，早日成為南宋第三代接班人。趙惇的一系列成功演出深深迷惑了孝宗，孝宗覺得自己的三兒子最像自己，既英武帥氣，又才華橫溢，於是在太子死後，直接越過老二，把老三趙惇立為儲君。孝宗在位27年，趙惇就做了18年太子，時間一長，趙惇按捺不住了。
有一天，趙惇試探著向孝宗抱怨：“父皇啊，我的鬍鬚已經開始變白了，有人給我送來了染髮的藥物，我卻沒敢用。”那潛臺詞昭然若揭，你還要讓我等多久？十多個春天還不夠，害得我悲傷總比快樂多。宋孝宗聽出了兒子的弦外之音，不卑不亢地說道，“有白鬍鬚好哇，正好顯示你已經成熟了，何必用藥染髮呢？”孝宗如果識破了趙惇的偽裝和潛伏，尚有挽回餘地，可惜他最終還是被兒子矇蔽了。
趙惇的妻子叫李鳳娘，原是將門之女，生性潑辣。這樣一個女子，怎麼就進了皇家門呢?原來全靠道士皇甫坦穿針引線。他當年一見李鳳娘就驚呼：“此女是大貴之相，日後定當母儀天下。”李父一聽說這就難怪了，她出生時還真飛來一隻黑色的鳳凰呢。
沒想到這事兒還真應驗了。高宗末年，皇甫坦入宮為太后醫病，因妙手回春，高宗很高興。這時高宗正在為孫子物色媳婦，皇甫坦就順勢推薦了李鳳娘，又神神道道一番。高宗信以為真，就把這只“黑”鳳凰娶進來了。
本來一個灰姑娘嫁進豪門，應該不敢多走一步路，多說一句話的，何況是皇家。可是李鳳娘什麼都不怕，肚子也爭氣生了個兒子。母以子貴，到丈夫被立為太子之後，就更是得意得不得了。我是未來的第一夫人，幹嗎要做小媳婦呢?於是，她在高宗面前數落孝宗;在孝宗面前告太子的狀;在丈夫面前更是得理不饒人，無理鬧三分。就這樣，他們老趙家的三個男人，一個退休皇帝，一個正牌皇帝，一個未來皇帝，被一個武將之女搞得團團轉。這時候高宗如夢初醒：李鳳娘終究是武將之女缺少家教，皇甫坦誤我啊!可是一個祖父—何況不是親祖父，就孫媳婦兒之事發表聲明多麼不合適啊!
可是孝宗忍不住了。媳婦在宮中橫行霸道搬弄是非，不把三代皇帝放在眼裡，是可忍，孰不可忍?於是他訓斥道：你應該學學太后的賢德，若再肆無忌憚，當心我廢了你!
淳熙十四年（1187年）十月，趙構崩於德壽宮中，趙昚聽聞後失聲痛哭，兩天不能進食，又表示要服喪三年。趙昚為了服喪，讓太子趙惇參與政事。
淳熙十六年二月初二（1189年2月18日），趙昚禪位於趙惇，趙惇即為宋光宗。宋孝宗之所以諡號為孝，是因為他本不是高宗親子，卻事孝為先，千方百計滿足高宗要求，哪怕自己忍辱負重，同時他確實對高宗抱有深深的感激之情，太上皇高宗逝世後，孝宗悲痛欲絕，決定守孝三年，再加上對政事心生厭倦，於是決定禪讓皇位於太子，趙惇在42歲這一年即位，史稱宋光宗。趙昚自稱太上皇，閒居慈福宮，後改名重華宮。趙昚繼續為趙構服喪。
開始時，因為權力還不穩固，光宗效彷孝宗侍奉高宗一樣，早請示晚彙報，每個月按照禮節向父親請安，偶爾還陪父親喝喝酒，聽聽曲，或者邀請父親出去打打獵，賞賞花，時間一長，光宗就忍受不了這種表面文章了，先是藉口推辭，後來乾脆再也不照面了。孝宗是一位極重感情的人，依他對高宗體貼入微的照顧，怎麼也想不到親生兒子為什麼會有這麼大的變化，心裡非常鬱悶。
孝宗退位後，李鳳娘更加變本加厲。心想在位時我都不怕你，退休了我還怕你怎地!一次李鳳娘打罵宮女，太后看了試圖勸止，李鳳娘反唇相譏道：我與皇上是結髮夫妻，我替皇上教訓奴婢有何不可?言下之意太后不是孝宗的元配，後婆就別管媳婦的事了!一旁的孝宗勃然大怒，嚴正警告李鳳娘：再放肆就廢黜你!這一回孝宗動了真格，他召來太師商量此事。但外人都是勸和不勸散的，太師說光宗剛剛即位，此時廢后不利於政局穩定，這事也就不了了之了。
媳婦這麼放肆，問題的根子在於兒子。本來一個皇帝有什麼好怕老婆的，太不了廢了就是，面對強悍的妻子，懦弱的光宗既懼怕又無可奈何。
一日光宗率宮中嬪妃遊覽聚景園。大臣們對此議論紛紛，認為高宗在世時，孝宗凡出遊，必恭請高宗同行，而光宗只顧自己遊玩。聽到這樣的議論，光宗極為惱火，恰逢此時孝宗遣宦官賜玉杯給他，光宗餘怒未息，手握不穩，不小心打碎了玉杯。宦官回到重華宮，將事情的經過掐頭去尾，只稟報說：“皇上一見太上皇賞賜，非常氣憤，連玉杯都摔碎了。”孝宗心中自然不快。另有一次，孝宗遊東園，按例光宗應該前往侍奉，可到了家宴之時，卻仍不見他的蹤影。孝宗雖羊裝不聞，但內心的憤怒與痛苦可想而知，畢竟光宗是自己的親生兒子，連起碼的禮數都沒有，作為父親，豈能聽之任之？
鳳仙花也稱指甲草，是綠色環保的天然染色劑，把新鮮的花朵加上明礬搗碎塗在指尖上，鮮紅明豔，經年乃消。可鳳仙花因為犯了李鳳娘的名諱，被改名為“好女兒花”。
李鳳娘善妒，一次趙惇在後宮洗手，為他端盆子的宮女十指纖纖，潔白細膩，趙惇忍不住多看了兩眼，又忍不住問了人家仙鄉何處貴庚幾何，在宮裡是否習慣？李鳳娘看在眼裡妒在心頭，卻不說什麼。又過了幾天，趙惇在辦公室批閱檔案有點小餓小困，傳小黃人上一盤點心。不一會點心上來了，光宗開啟一看，裡面裝的竟是上次那個端盆宮女的雙手。一個宮女因為手白而得到光宗的好感，李氏尚且不能容忍，對於光宗寵愛的妃嬪，她更是必欲除之而後快。
光宗還在東宮時，高宗曾賜給他一名侍姬黃氏，光宗即位後晉為貴妃，倍受光宗寵愛，一日李後往重華宮，請立趙擴為太子，正被孝宗斥責，回宮後又聞光宗去幸黃貴妃，教她如何不氣？如何不惱？當下轉至黃貴妃處，不待內侍通報，便闖將進去。驀見光宗與黃貴妃正在促膝密談，禁不住醋興勃發，就在門首大聲道：“皇上龍體少愈，應節除嗜慾，奈何在此處調情？”光宗見了連忙起立。黃貴妃更是嚇得魂不附體，不由得屈膝相迎。李後竟不答禮，連眼珠兒都不去瞧她。光宗知已惹禍，不便再留，便握住李後的手同往中宮，心中還似小鹿兒相撞。待至宮中，但見李後的眼眶內，簌簌的流了許多珠淚。光宗大驚，只好加意溫存。李後道：“妾並不是為著黃貴妃，陛下身為天子，有幾個妃嬪，難道妾不肯相容麼？不過陛下新痊，未便縱慾，妾是以冒昧勸諫。此外還有一種特別事故，要與陛下商議。”言至此嗚嗚咽咽地大哭起來。光宗摸不著頭腦，再三婉問，她方囑內侍召入嘉王擴，令跪伏帝前，自己亦陡地下跪道：“孝宗要想廢立了，難道陛下尚不知麼？”光宗聽了越覺驚得發抖，再加詢問。李後才將孝宗不肯立太子的事說了一遍，更添了幾句不好聽的話兒。光宗被她引入迷團，便道：“朕不再往重華宮了。汝等起來，朕自有計較！”李後方挈嘉王起身。
紹熙年間，黃貴妃病了。她面黃肌瘦，不思飲食。御醫用了許多貴重藥品，也不見有什麼效果。皇帝見愛妃日見憔悴，也整日愁眉不展。無奈只好張榜求醫。一位江湖郎中揭榜進宮，為黃貴妃診脈後說：“只要用冰糖與紅果（即山楂）煎熬，每頓飯前吃五至十枚，不出半月病準見好。”大家開始還將信將疑，好在這種吃法還合貴妃口味，貴妃按此辦法服後，果然如期病癒了。皇帝自然大喜，展開了愁眉。後來這種做法傳到民間，老百姓又把它串起來賣，就成了冰糖葫蘆。
紹熙二年十一月，應祭天地宗廟。向例由皇帝親祭，光宗無從推諉，沒奈何出宿齋宮。這位心兇手辣的李鳳娘，趁著這個空隙，召入黃貴妃，責她蠱惑病主，不異謀逆，竟令內侍持入大杖，把黃貴妃重笞百下。可憐她玉骨冰姿，哪裡熬受得住？不到數十下，已是魂馳魄散，香消玉殞。李後見她已死，令內侍拖出宮外，草草棺殮，一面報知光宗，詭說她暴病身亡。光宗非常驚駭，明知內有隱情，斷不至於無端暴斃，奈何身為後製，不敢詰問，並且留宿齋宮，不能親視遺骸撫棺一訣，悲從中來解無可解。是夕在榻中翻去覆來，許久不曾閤眼，直至四鼓以後矇矓睡去，突見黃貴妃滿身血汙前來，此時也顧不得什麼，正要與她抱頭大哭，忽然外面一聲怪響，頓將睡魔兒嚇去，雙眸齊啟，並沒有什麼愛妃，但聽得朔風怒號，驟雨傾盆，第二天到了壇前，祭品均已擺齊，只是沒法燃燭。光宗頭暈目眩，勉強拜了幾拜。侍臣掖帝登輦踉蹌回宮。嗣是終日奄臥，飲食逐日減少，漸漸的精神徹底崩潰。?後人有詩嘆曰：
到底名花不讓人，
一枝竟佔六宮春。
深宵侍宴承恩澤，
雨露從來不許勻。
光宗的病情時好時壞，無法正常處理朝政，這正中皇后李氏下懷。從紹熙三年開始，“政事多決於後”，大權旁落李氏之手。然而，她既無興趣也無能力參決朝廷大政，權力對她而言，最大的作用就是可以為孃家大撈好處。她封孃家三代為王，侄子李孝友、李孝純官拜節度使，一次歸謁家廟就推恩親屬26人，172人授為使臣，下至李家門客，都奏補得官。李氏外戚恩蔭之濫，是南宋建立以來所沒有的。李氏家廟也明目張膽地僭越規制，守護的衛兵居然比太廟還多。李後一門獲得的顯赫權勢、鉅額財富，無疑都是其患病的丈夫光宗所賜。
李皇后只生有嘉王趙擴一人，立為太子本是順理成章的事，但受到孝宗的阻撓。嘉王天性懦弱，孝宗認為其不適宜繼承皇位，相比之下，魏王趙愷的兒子嘉國公趙抦生性聰慧，深得孝宗喜愛。當初光宗取代二哥趙愷成為太子，如今孝宗卻寵愛趙愷之子，不同意將嘉王立為儲君，無形中加深了光宗對孝宗的猜忌，光宗時時感到恐懼和不安。在他看來，父親不僅對嘉王的太子地位，甚至對自己的皇位，都是潛在的巨大威脅。
在李後和宦官們的不斷挑撥離間下，這種恐懼感逐漸成為光宗揮之不去的陰影，其心理和精神壓力越來越大，終於導致了無端猜疑和極度偏執的症狀。他視重華宮為畏途，不再定期前去問安，儘可能躲避著孝宗。天子孝行有虧，臣子勸諫責無旁貸，而臣僚們的這些言行更激起光宗的固執與疑懼，終於引發歷時數年的過宮風波。
光宗病情不斷加重，皇后李氏負有不可推卸的責任。她生性妒悍，又有著強烈的權力欲。一方面，她獨霸後宮，不允許任何女人與她爭寵，光宗對此只有忍氣吞聲，抑鬱不樂；另一方面，她視孝宗夫婦為她皇后地位的最大威脅，想方設法離間孝宗、光宗父子，從很大程度上加劇了光宗的病態心理。
在過宮問題上，有些大臣對光宗曉之以理、動之以情，光宗有時似乎被打動，當時答應了過宮，但一入後宮，就會在李後操控下改變主意，最終也未能成行。一次，光宗在謝深甫等大臣的苦諫下傳旨過宮，即將出發時，李後從屏風後走出來挽他回去，中書舍人陳傅良出班拉住光宗衣襟，一直跟隨到屏後。不料卻遭到李後的呵斥，陳傅良大哭而出。宗室趙汝愚是光宗較為信任的大臣，對於他的勸說，光宗也是反覆無常。
孝宗聽說兒子又犯病了，親自到太醫院弄到了一副好藥，想給兒子送去吧，擔心李鳳娘從中作梗，於是就想等兒子回心轉意來看望自己時親手交給他。監視孝宗的太監給李鳳娘彙報了此事，李鳳娘又派人偵知，果然發現孝宗奉若寶貝的藏著藥丸，李鳳娘添油加醋，借題發揮，說孝宗要用毒藥毒殺光宗，重新奪回皇位。光宗聽後，對父親又恨又怕。而孝宗眼見兒子疏遠自己，心裡更加悲苦。
光宗因受制於李鳳娘淫威，病情越來越重，加之李鳳娘權傾朝野，慣於在光宗面前搬弄事非，致使光宗和孝宗關係越來越僵，兒子兒媳聯手對付孝宗，孝宗憂憤成疾。恰在此時，眼見光宗精神病越發頻繁，朝臣請求立儲以安定民心，按照宋朝規制，立儲要得到太上皇恩准，在這個重大的原則性問題上，以光宗和李鳳娘為主的一派要立自己的兒子，而孝宗鑑於自己選取接班人問題上的失敗，以及對於自己二兒子的愧疚，打算立老二的兒子，雙方互不相讓，沒曾想這種事最後間接助成了孝宗的身死。
為了取得孝宗首肯，李鳳娘假惺惺請來了孝宗，以家宴為由逼迫孝宗同意立兒子嘉王為太子。孝宗當場表示不同意，李鳳娘勃然大怒，馬上撕破臉皮氣勢洶洶地質問：我是你們趙家明媒正娶來的，兒子是我和皇帝親生的，又是長子，為什麼不能立為太子?你到底安的什麼心？”兒媳如此剽悍，撒潑，而光宗置若罔聞，始終一言不發，孝宗感覺蒙受了奇恥大辱，在急火攻心下，眼前一黑，當時就倒下了。
孝宗病來如山倒，在絕望中始終沒有迎來兒子的回頭是岸和臨終關懷，在羞憤與困惑中，這個一生看重孝道的父親在忤逆不孝的兒子兒媳雙重打擊下，晚景悽涼，自此次羞辱後沒過多久即一命嗚呼。史載，父親孝宗去世後，光宗表現得非常冷漠，堅持四不政策，不主持喪禮，不參加追悼會，不穿孝服，不禁一切娛樂活動，飲宴如故。
孝宗生前對高宗極盡孝道，對不是自己親生父母的高宗吳後當做父母養育，而到了他自己，卻養育了一個逆子，孝宗的孝，是何等辛辣的反諷？孝宗生死彌留的最後一刻，不知道他是否明白，古代帝王家所謂真正的孝，其實都是因為權力使然，一旦沒有了權力，孝也就適時消亡不復存在。
隨著光宗病情的惡化，政局也開始動盪不安，群臣再也無法容忍這個瘋子皇帝。紹熙五年（1194）七月，趙汝愚、韓侂胃等人在太皇太后吳氏的支援下擁立嘉王趙擴登基，是為宋寧宗。宋寧宗登基後，尊光宗為太上皇，尊李皇后為壽仁太上皇後，移駕泰安宮。
宋光宗此時對政權交接尚矇在鼓裡。當他知道後，長期拒絕接受寧宗的朝見，依然住在皇宮之中，不肯搬到為太上皇預備的寢宮裡。他對於失去皇位的擔心終於應驗，病情因此又加重了。與他一同失勢的李氏一反常態，對光宗不再像以前一樣咄咄相逼，對他反而有同病相憐之心。她惟恐觸動光宗脆弱的神經，常以杯中之物來寬解光宗心中的鬱結，還反覆叮囑內侍、宮女，不要在光宗面前提起“太上皇”和“內禪”等敏感字眼。
惡貫滿盈的李鳳娘放下屠刀開始信佛，在宮裡裝修了精緻的佛堂，穿上職業服每天誦經禮佛。但報應還是來了，她生病了，這一病就臥床不起，備受病痛的折磨。無限痛苦中李鳳娘十分憤滿：我已經放下屠刀了，為什麼不讓我成佛？
李鳳娘最後病死在佛堂，報喪的人要去前朝給趙擴通報訊息，守門人推說拿鑰匙的人不知道哪去哪了，還是明天再說吧。第二天幾個小黃人抬著李鳳娘的遺體朝靈堂走，不知誰喊了一聲瘋皇來了，抬遺體的人的聽到喊聲後四散而逃，等到再收拾好遺體已經散發出臭味，好不容易才入殮下葬。這時天空中忽然電閃雷鳴，一聲炸雷將李鳳娘的墳頭夷為平地，旁邊邢氏的墳塋卻安然無恙。
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慶元六年（1200年）9月17日，光宗在壽康宮去世，享年五十四歲，葬於永崇陵。