商鞅變法對此後秦國以及秦代的影響是十分深遠的。雲夢出土的《秦律》就是在這個變法的基礎上修訂、補充、累積而成。《秦律》也多處講到連坐法，例如戶籍登記有隱匿或不實，不但鄉官要受罰，同“伍”的也要每戶罰一盾，“皆遷之”（即罰戍邊）。《秦律》也把鎮壓“盜賊”放在首要地位，並對輕罪用重刑。例如盜取一錢到二百二十錢的要“遷之”，盜取二百二十錢以上和六百六十錢以上要分別罰作刑徒，盜牛者要罰作刑徒，盜羊或豬的也有相當的懲處，甚至偷採別人桑葉不滿一錢的也要“貲徭三旬”（即罰處徭役三十天）。對五人以上的“群盜”則追捕處罰更嚴。同時《秦律》還有許多對各種逃亡者追捕處罰的規定。
為什麼說商鞅變法影響了之後兩千餘年中國歷史的走向?
商鞅在和甘龍等人的論戰中大獲全勝，堅定了秦孝公的變法決心。商鞅深知自己的變法是要和秦國所有老世族為敵，他所可以依賴的除了秦孝公之外就只有秦國的百姓了，所以他必須取信於民。於是他在國都市場南門立下一根三丈長的木杆，招募百姓有能夠搬到北門的就賞給十鎰黃金。可之前官府的政令朝令夕改從沒兌現過，被騙慣了的老百姓的對官府的文告持懷疑態度。商鞅就又宣佈命令說：“有能夠搬過去的就賞給五十鎰黃金。”重賞之下必有勇夫——有一個人搬起木杆到了北門，商鞅立即賞給他五十鎰黃金以表明沒有欺詐。
商鞅以南門立木的方式取信於民，終於得以在秦國頒佈新法令。公元前359年商鞅在秦國頒佈《墾草令》，作為全面變法的序幕。其主要內容有：刺激農業生產、抑制商業發展、重塑社會價值觀，提高農業的社會認知度、削弱貴族、官吏的特權，讓國內貴族加入到農業生產中、實行統一的稅租制度等改革方略。
《墾草令》在秦國成功實施後秦孝公於公元前356年任命商鞅為左庶長，在秦國國內實行第一次變法，其主要內容如下：
效法魏國李悝的《法經》改革秦國的戶籍制度，實行什伍連坐法——將民戶按什伍編制起來,五家為伍,十家為什,要他們相互監視,糾舉“奸人”,隱藏不報者連坐。告奸者與斬敵首者同賞,匿奸者與降敵者同罰,不告奸者腰斬。也就是說在秦國任何人都有告發犯罪的義務，如果有人見到他人犯罪不加阻止不予告發不是道德問題，而是會被追責的。至於你告發之後受不受打擊報復朝廷不管了，看你是怕罪犯還是怕朝廷。有人可能覺得：要是有人天生膽小，他就是怕罪犯而不敢告發，這不是成了正不勝邪了嗎？別忘了那句”不告奸者腰斬“，當時的秦律實行嚴刑峻法——棄灰於道者斬，就是說在大街上亂扔垃圾都是死罪，更別說打家劫舍殺人放火了。要是有人敢不告發，腰斬之刑擱那兒等著，總之必須在罪犯和朝廷之間選擇一個敬畏的物件。
廢除舊世卿世祿制，獎勵軍功，
禁止私鬥，頒佈按軍功賞賜的二十等爵制度：之前的秦國官職被貴族世家壟斷，平民子弟無論立下什麼功勞也得不到晉升。秦獻公時期開始打破這一傳統，但秦獻公只是憑藉自己的國君之尊偶爾提拔幾個自己信任的平民子弟，而沒有一套明確的官爵晉升制度。商鞅正式建立以軍功授爵的制度——平民子弟只要在戰場上為國家立下軍功即可授予相應的爵位，功勞越大爵位也相應越高；貴族子弟若無軍功則不得世襲祖先的爵位。
重農抑商，獎勵耕織，特別獎勵墾荒；規定生產糧食和布帛多的，可免除本人勞役和賦稅，以農業為“本業”，以商業為“末業”，並且限制商人經營的範圍，重徵商稅——按商鞅的理念：秦國只需要兩類人——為國征戰的戰士和為戰士提供糧草的農夫，所以要獎勵耕種並按糧食產量換算成相應的軍功授予爵位。與此同時要對商業貿易徵收重稅以滿足國家征戰所需的經費。
焚燒儒家經典，禁止遊宦之民：在商鞅看來儒家和其他百家的經典書籍都是無用之物，六國的遊學士子多是虛妄浮誇之人，只會引經據典空談誤國，不能真正埋頭苦幹。允許這些書和人在秦國存在只會削弱秦軍的戰鬥力和秦國的生產力，所以必須嚴格將這些對秦國有害的書和人禁絕在秦國之外。所以張儀、呂不韋等人若是在此時入秦，結局一定糟糕，因為此時的秦國最排斥的就是耍嘴皮子的遊學士子和生意人。
強制推行個體小家庭制度——凡成年子女強制與父母分家，避免在勞動生產過程中互相依賴進而影響生產效率，擴大了國家賦稅和兵徭役來源，為秦國經濟實力和軍事實力的壯大奠定了堅實的基礎。
在完成上述變法後商鞅又開始規劃營建秦國的新都城：咸陽（今陝西省咸陽市東北）位於關中平原中部，北依高原，南臨渭河，順渭河而下可直入黃河，終南山與渭河之間可直通函谷關。為便於向函谷關以東發展，秦孝公於公元前350年命商鞅徵調士卒，按照魯國、衛國的國都規模修築冀闕宮廷，營造新都，並於次年將國都從櫟陽（今陝西省渭南市富平縣東南）遷至咸陽，同時命商鞅在秦國國內進行第二次變法。第二次變法的主要內容如下：
第一，廢除井田制——“開阡陌封疆”，廢除奴隸制土地國有制，實行土地私有制，國家承認土地私有，允許自由買賣。
第二，普遍推行縣制，設定縣一級官僚機構；“集小都鄉邑聚為縣”，以縣為地方行政單位，廢除分封制，“凡三十一縣” ，縣設縣令以主縣政，設縣丞以輔佐縣令，設縣尉以掌管軍事。縣下轄若干都、鄉、邑、聚。
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第三，大力營建新都咸陽，以便向函谷關以東發展。
第四，統一度量衡制度，頒佈度量衡的標準器。
第五，編訂戶口，五家為伍，十家為什，規定居民要登記各人戶籍，開始按戶按人口徵收軍賦——這實際上是
將原來生活在各家貴族的世襲封地上的百姓正式編入國家戶籍並徵收賦稅。
第六，革除殘留的戎狄風俗——禁止父子、兄弟同室居住，推行小家庭政策：規定凡一戶之中有兩個以上兒子到立戶年齡而不分居的，加倍徵收戶口稅。這是對第一次變法中“異子之科”法令的補充，也是對社會風俗的規範。
後兩項政策其實在第一次變法時就已有所涉及，在第二次變法中只是更加深化強化。
商鞅變法是中國古代一次成功的變革，它讓秦國成為一個強大的國家，並且為以後秦國統一六國奠定了基礎，而且確定了法治的思想。商鞅吸取了李悝、吳起等法家在魏、楚等國實行變法的經驗，結合秦國的具體情況，對法家政策作了進一步發展，後來居上，變法取得了較大的成效。他進一步破除了井田制，擴大了畝制，重農抑商，獎勵一家一戶男耕女織的生產，鼓勵墾荒，這就促進了秦國小農經濟的發展。他普遍推行了縣制，制定了法律，統一了度量衡制，建成了中央集權的君主政權。他禁止私鬥，獎勵軍功，制定二十等爵制度，這有利於加強軍隊戰鬥力。他打擊反對變法的舊貴族，並且“燔《詩》《書》而明法令”，使變法令得以貫徹執行。由於這一切，秦國很快富強起來，奠定了此後秦統一全中國的基礎。正如漢代王充所說的：“商鞅相孝公，為秦開帝業。”
經過商鞅變法，秦國經濟上改變了舊有的生產關系，廢井田開阡陌，從根本上確立了土地私有制；政治上打擊並瓦解了舊的血緣宗法制度，使封建國家機制更加健全，中央集權制度的建設從此開始；軍事上獎勵軍功，達到了強兵的目的，極大的提高了軍隊的戰鬥力，發展成為戰國後期最強大的封建國家，為秦的下一步的戰略發展創造了有利的條件，為統一全國奠定了基礎。商鞅變法對此後秦國以及秦代的影響是十分深遠的。雲夢出土的《秦律》就是在這個變法的基礎上修訂、補充、累積而成。《秦律》也多處講到連坐法，例如戶籍登記有隱匿或不實，不但鄉官要受罰，同“伍”的也要每戶罰一盾，“皆遷之”（即罰戍邊）。《秦律》也把鎮壓“盜賊”放在首要地位，並對輕罪用重刑。例如盜取一錢到二百二十錢的要“遷之”，盜取二百二十錢以上和六百六十錢以上要分別罰作刑徒，盜牛者要罰作刑徒，盜羊或豬的也有相當的懲處，甚至偷採別人桑葉不滿一錢的也要“貲徭三旬”（即罰處徭役三十天）。對五人以上的“群盜”則追捕處罰更嚴。同時《秦律》還有許多對各種逃亡者追捕處罰的規定。
更重要的是商鞅變法所確立的郡縣制度、中央集權成為此後兩千餘年中國歷史的主流，雖然中國歷史上也和西方國家一樣出現過分裂動盪，但統一始終是主流。所謂萬世皆行秦政治就是說秦奠定了此後兩千餘年中國歷代王朝中央集權皇權專制政體，而這種政體在秦國的誕生正是肇始於商鞅變法。