盧劍星和靳一川不清楚是怎麼回事，但沉煉卻一清二楚。他明白只要自己活著，對魏忠賢就是威脅，只有自己死了，魏忠賢沒有死的秘密才能永遠成為秘密。魏忠賢會透過各種手段想要除掉自己，如果繼續留在京城，不但自己會死，大哥和三弟也會死。
沉煉已經沒有退路，用刀子和銀子逼迫上司將他們三兄弟調往金陵。
這天晚上，三兄弟受邀赴宴，盧劍星因為立下了大功，即將封為百戶。他不但領到了百戶的官服，還被首輔邀請同座，這讓他又驚又喜。
趙靖忠卻當著首輔的麵點出盧劍星用300兩銀子買官這件事，暗示盧劍星手腳不乾淨，私吞了部分魏忠賢的金銀財寶。盧劍星不知道是怎麼回事，整個人都懵了。好在首輔沒有計較，這件事算是遮掩過去了。
首輔接下來的一句話，讓趙靖忠臉色為之一變。首輔宣佈，三天後開棺驗屍。盧劍星也隱隱感覺不妙，其他人不可能拿300兩幫自己買官，唯一的可能就是沉煉，但沉煉怎麼可能會有這麼多銀子？
酒宴結束，趙靖忠意外遇見了混入宴會，來敲詐靳一川的丁修。他想試試丁修身手，在動手的過程中，被靳一川發現了手上的傷痕。本來就感覺事情不妙的趙靖忠更加不安，決定除掉沉煉三兄弟。
三兄弟回到住所，盧劍星對沉煉拳腳相向，責問他銀子從何而來，為何陷他不義。沉煉知道事情瞞不住了，向兩兄弟交代了實情，魏忠賢沒有死。到這個時候，盧劍星和靳一川才知道這些日子他們遭遇的所有危險都是因為魏忠賢想要殺人滅口。
沉煉清楚三天之後開棺驗屍，真相就會大巴，他們三兄弟就會死無葬身之地。他決定自己抗下所有罪責，只是請盧劍星幫周妙彤贖身。盧劍星不願意沉煉去送死，便建議在開棺驗屍前離開京城，到其他地方去過日子。
與此同時，趙靖忠找魏忠賢，借他身邊的衛士。三天後開棺驗屍，魏忠賢沒有死的秘密就會被揭開，而靳一川又看到了他手上的傷，他的真實身份已經暴露，如果沉煉他們被抓，那他將死無葬身之地，所以，他必須在開棺驗屍前除掉沉煉他們。
除了找魏忠賢借衛士，趙靖忠還找到丁修，讓他殺靳一川。
當丁修聽到這話露出震驚的神情：“誰，公公不知道他是我師弟嗎？”
趙靖忠不屑地道：“像你這這樣的人還在乎這些？”
丁修義正詞嚴地道：“公公你誤會了，這個人可是我的摯愛親朋，手足兄弟呀。”不過他接下來的一句話，卻讓銀幕前的觀眾下巴碎了一地：“得加錢。”
誰也沒想到他會用義正詞嚴的口氣說出如此無恥的話，現場所有人都被丁修這句無恥的話驚到了，用諸葛亮的來說就是“我從未見過如此厚顏無恥之人”。
第二天，沉煉和靳一川收拾好行李，準備離開京城。
沉煉準備給周妙彤贖身，但周妙彤不肯走，反而讓他去救嚴峻斌。她表示只要沉煉將嚴峻斌救出來，她就跟沉煉走。沉煉沒有辦法，只能答應周妙彤去詔獄救人。等沉煉感到詔獄的時候，嚴峻斌已經被折磨得奄奄一息，他求沉煉結果自己。
沉煉結果嚴峻斌，回到暖香閣，將事情經過告訴了周妙彤。到這個時候，周妙彤和沉煉的關係之謎徹底揭開。當初剛剛成為錦衣衛不久的沉煉，和其他人一起到周妙彤家，抓走了周妙彤父親，將12歲的周妙彤送進了教坊司。
現場觀眾終於明白沉煉為什麼天天往暖香閣跑，卻從來不和周妙彤上床，甚至靠近些坐都不敢，因為他不敢面對周妙彤，對她內心有愧。沉煉當然是愛周妙彤的，但他救周妙彤不僅僅是因為愛情，同時也是自我救贖。
人生中有很多第一次是難以忘記的，第一次幹傷天害理的事也是如此。剛剛成為錦衣衛不久的沉煉，抓了周妙彤的父親，眼睜睜看著12歲的周妙彤被送進教坊司。這是他第一次出任務，也是第一次幹傷天害理的事，從此周妙彤就成了他良心上的負累。在他的心裡周妙彤就是他的罪孽，只有救出周妙彤才能救贖自己，良心才能獲得解脫。
與此同時，靳一川也遇到了麻煩，丁修派人給他送來了一個香囊，是張嫣的香囊。靳一川臉色大變，立刻往醫館趕。等他到達醫館的時候，醫生已經死了。丁修抱著張嫣從房間裡出來，並說出了非常賤的一句話“你小子眼光不錯，那個姑娘很潤”。
靳一川徹底被激怒，拔出鴛鴦刀，像瘋子般的跟丁修戰在一起。鴛鴦刀又名雙燕，一長一短兩把刀在靳一川手中，就像兩隻上下翻飛的銀色燕子，劃出一道道美妙的曲線，不斷攻向丁修。靳一川招式極為狠辣，招招都攻擊要害位置，而且全是搏命的招式。此次此刻，他只有一個想法，殺死丁修，哪怕跟他同歸於盡也在所不惜。
銀幕前的觀眾，不管是方致遠粉絲，沒錯記者，還是嘉賓，都瞪大了眼睛，屏氣凝神地盯著大銀幕，連眼睛都不敢眨一下，生怕錯過了哪怕一秒鐘的鏡頭。很多人都在心裡默默為靳一川加油，甚至是默默祈禱。
妮可基德曼被靳一川和丁修的精彩打鬥迷住，完全忘記了自己影后的身份，興奮得手舞足蹈：“功夫片還是得看中國電影啊，這打戲也太精彩了！這個叫靳的年輕人太厲害了，刀在他手中簡直就像在跳舞一樣！”
就連程龍也不住點頭：“這個方致遠身手不錯，這一套招式使得如行雲流水，應該是下了苦功的！可惜這一段用的是快剪鏡頭，沒能讓他的動作完美呈現出來！”
靳一川功夫不如丁修，又重病在身，哪怕他採用搏命的打法，依然不是丁修的對手，最終還是被擊倒在地。丁修準備殺了靳一川，但最終沒能下手。他有些惆悵地道：“真要殺了你，從今以後這世上就只有我一個人了。”
就在此時，黑暗中竄出兩個蒙面殺手，舉起火槍瞄準了丁修。奄奄一息的靳一川，奮力推開丁修，火槍的子彈全打在了他的身上。
盧劍星沒有收拾行李，也不打算離開。他清楚放跑魏忠賢是大罪，要是逃走，三個人都會死。當初趙靖忠派任務的時候，點名找的自己，現在上面要追查放跑魏忠賢的責任，自己是第一責任人；如果自己承擔所有罪責，那兩個兄弟就不用死。他穿上了夢寐以求的百戶官服，來到鎮撫司請罪，稱所有事情均是自己一人所為。
皇帝已經誅殺了數百和魏忠賢有牽連的人，而朝廷中太多人跟魏忠賢有瓜葛，真要殺下去，只怕朝堂上都將無人可用。盧劍星願意一個人抗下所有罪責，皇帝也就順水推舟，將所有罪責推給盧劍星，第二天將其當街處斬。
殺出重圍的丁修揹著周妙彤來到醫館找靳一川，準備一起離開京城。只是當他們來到醫館，看到的是靳一川冰冷的屍體。沉煉跪在靳一川的屍體面前，放聲大哭：“二哥錯了，二哥後悔了！二哥後悔了……”
醫館的大全景過後，畫面一片雪白，什麼都看不到了。
現場觀眾以為電影到這裡就結束了，故事以悲劇收尾。很多人感覺胸口像壓了一塊石板似的，感覺呼吸不暢，憋得難受。有人小聲滴咕：“大家在現實中有很多不如意，看電影是為了娛樂和放鬆，結局搞得這麼慘，簡直是給人添堵嘛！”
程龍微微搖了搖頭，這部電影拍得不錯，鏡頭很好，視聽語言不錯，故事也很精彩，但故事結局太黑暗，太壓抑，沒有武俠片的爽快感。他覺得這部電影票房不會太好，武俠是成人童話，觀眾看武俠片是為了爽，要是看完電影不爽，票房肯定不會太好。
畫面切到草原上，時間來到了兩個月後的關外。
趙靖忠由於閹黨的身份暴露，而且假傳聖旨，大明待不下去了，準備到關外投靠女真人。沉煉要為靳一川和盧劍星報仇，丁修因為靳一川臨死前救了自己，也要為靳一川報仇，兩人一路跟蹤而來。現在他們終於追上了趙靖忠，最終決戰即將展開。
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就在此時，後金派來接應趙靖忠的一隊騎兵趕到了。後金騎兵聽到沉煉和丁修是敵人，立刻縱馬殺過來。丁修毫無懼色，提著斬馬刀縱馬向後金的騎兵衝了過去。沉煉和趙靖忠也很快打在一起，最終的決戰終於展開。
沉煉握著大哥盧劍星的雁翅刀，跟握手長槍的趙靖忠戰在一起。兩人之間不死不休，使的都是搏命招式，他們心裡都只有一個念頭乾死對手。長刀與長槍不但撞擊在一起，發出叮叮的響聲，就像一隻只鼓槌，不斷敲擊在觀眾的心上。
那種強烈的視聽衝擊讓觀眾血脈噴張，讓觀眾大呼過癮。
雁翅刀很快被打掉，沉煉立馬拔出了三弟靳一川的鴛鴦刀，跟趙靖忠打在一起。沉煉功夫不如趙靖忠，手中的鴛鴦刀又很快被打掉，而他也被趙靖忠的長槍刺中。不過就在趙靖忠準備結果他的時候，他將繡春刀刺進了趙靖忠的胸口，成功反殺。
與此同時，丁修與後金騎兵打在了一起。他的馬被後金騎兵射死，就握著斬馬刀步戰。他好似天神下凡一般，硬是將後金騎兵全部殺光。觀眾目瞪口呆的同時，心裡是說不出的痛快，靳一川和盧劍星死亡帶來的壓抑感得到了完美的釋放。
在電影最後，沉煉看著眼前廣漠的草原，彷彿中他看到自己與靳一川和盧劍星在草原上策馬馳騁；同時三兄弟討論做最想去哪兒，盧劍星最想去泉州，他想帶母親而看看大海；沉煉最想去蘇州；而靳一川最想到關外……
字幕飛快劃過，電影到此結束。
略顯感傷的音樂聲中，海潮般的鼓掌聲沖天而起。《繡春刀》有精彩的打戲，有職場的生態，也有愛情和兄弟義氣，大家覺得電影離自己好像很遠，有好像很近，有一種說不出的感受，只能以鼓掌來表示此刻內心的激動。