故事開始約一年前

風紀委員訓練所，白井黑子與初chūn飾利初次相識。

白井與固法美偉、初chūn三人在郵局遭遇劫案，固法前輩為保護白井而受傷。

在某位超能力者的暗中幫助下，白井制服擁有「絕對等速」能力的搶劫犯，案件結束。

1月、第三個星期五

『SkillOut』三笨蛋（駒場利德、濱面仕上、半藏）半夜盜竊ATM機被jǐng備員黃泉川愛穗逮捕，半藏對她一見鍾情。

2月、第一個星期五

英國倫敦

神裂與牛仔褲店長遇見了剪牛仔褲魔——自稱瓦爾基裡的少女，最後店長和少女都被神裂所討伐。

2月、第四個星期五

義大利米蘭

上條刀夜想在魔草調配師芭爾比娜處購買奇怪的土特產，遇見追捕芭爾比娜的羅馬正教修女麗多薇雅羅倫婕蒂。

刀夜向修女吐露心中的煩惱，麗多薇雅聽完隨即將芭爾比娜的土特產贈送給他。（魔法「天使墜落」形成原因之一）

3月、第三個星期五（3月15rì）

超能力者（等級5）之一的削板軍霸在巷內將遭到搶劫的原谷矢文救出，隨後只用三拳就將不良頭目——自稱對能力者戰鬥專家的橫須賀打倒。

4月、第一個星期五

巴西里約熱內盧

貧窮的巴西少女——伊捏絲與自稱綜合顧問的御坂旅掛相遇。聽從他的建議，伊捏絲rì後以回收廢舊家電事業為基礎成為了成功的商人。

4月、第四個星期五

白井黑子在自己學校專屬的美容院內理髮，並和理髮師坂島道端閒談一些關於「原石」以及冷戰時代開發超能力者等等傳聞。

5月11rì

妹妹（9982號）在某研究所內誕生。

聽從女研究員的命令，妹妹（9982號）準備處理數十位「妹妹」的屍體。

5月、第二個星期五

義大利米蘭

本應成為「魔神」男人奧萊爾斯從潰滅的人販子組織手中解救出100多個孩子。

將孩子們交給西爾維婭後，奧萊爾斯離開了米蘭城。

5月、第四個星期五

濱面仕上關於自己的好友半藏是不是「超級忍者」的猜想，被女忍者郭消除。

6月、第二個星期五

工山規範（駭客）開始挑戰學院都市傳中的「守護神」（電子領域），敗北。

6月17rì前後

御坂美琴在路上遭到不良少年們的搭訕，路過此處的上條亂入想幫忙，兩人的孽緣從此開始。

美琴被激怒時放出的電流被上條的「幻想殺手」消除，此後數次見面都會演變成‘遭遇→逃跑……’這樣的迴圈模式。

7月、第一個星期五

英國倫敦某酒館內

上條刀夜和同事田中以及過來搭話的御坂旅掛一起喝酒聊天。

某位「原石的少女」突然出現並向刀夜求救，刀夜和田中度過了驚險刺激的一夜。

7月、第二個星期五

高中女生雲川芹亞與學院統括理事會成員貝積繼敏在電話中談論關於「原石」的話題。隨後站在走廊上嘲笑被水淋溼的上條當麻。

時間不明（外傳漫畫中推斷）

在都市內發生多起「虛空爆炸案」，致使多名執行任務的風紀委員負傷。（最終受傷人數上升至九人）

7月16rì

某銀行發生劫案，兩名劫匪（其中一名是等級3的發火能力者）被在場的白井黑子逮捕。

第三名劫匪開車逃跑時被美琴用「超電磁炮」轟飛，劫案告破，無一人傷亡。

7月17rì

上午——

美琴與白井的同事初chūn飾利在吃茶店內聊天，不過中途白井以工作為由將初chūn帶走。（初chūn的袖章遺留下來）

另一名風紀委員固法美偉出現，並依靠初chūn遺漏的袖章將美琴誤以為是新加入的風紀委員，帶她去執行任務。

花了半天時間找到一位女孩的包包之後，誤會解除。

下午——夜晚時分

從誤會中脫身的美琴遇見了身處不幸之中（被ATM機吞錢）的上條當麻。

兩人隨後在河堤上開始決鬥，不過由於上條的中途逃跑，最終還是演變成了一夜的追逐戰。

7月18rì

美琴與白井討論「虛空爆炸案件」，擁有犯案能力「量子變速」的大能力者（等級4）釧路帷子在談話中閃現。

美琴、初chūn以及初chūn的同學佐天淚子三人一起去服裝店「第七迷霧」買衣服，在店內遇見了幫助女孩買東西的上條當麻。

「第七迷霧」內發生「虛空爆炸案」，不過因為有上條和美琴的活躍，無一人傷亡。

犯案嫌疑人被美琴抓住，案件結束。

7月19rì

為了獲取都市傳中可以提升能力的道具「幻想御手」的情報，美琴與白井兩人前去不良少年聚集的餐廳。

美琴想從不良少年獲取「幻想御手」的情報卻因為上條的介入而失敗。

不良少年們在追逐中被美琴一一電暈。

追逐上條到鐵橋上的美琴被上條激怒，發動大範圍的「雷擊」致使周邊地區電力癱瘓。

7月20rì（暑假第一天）

上午——午前

「虛空爆炸案」的嫌疑犯陷入原因不明的昏迷中。

美琴與白井兩人去醫院調查此事，在醫院內與研究員木山chūn生初次會面。

上午

上條與掛在陽臺上出現的茵蒂克絲相識，並請她吃東西。

上條與茵蒂克絲在宿舍分別後去學校補習，月詠萌老師出場。

下午——傍晚時分

佐天從網上下載到載有「幻想御手」的音樂CD，找到初chūn飾利。

美琴、白井與木山chūn生在醫院外的吃茶店內聊天，佐天和初chūn半途加入。

各自分別後，美琴察覺到附近有上條的存在，前去找他。

下午——晚上

補習後的上條在回宿舍的路上遇到美琴，不過美琴卻被上條哄嚇住，兩人就此分別。

回到宿舍的上條見到倒在血泊中的茵蒂克絲，與前來追捕她的魔法師史提爾馬格努斯交戰。

上條利用消防灑水器，淋溼了史提爾的符文卡片，封死了他的必殺技「狩獵魔女之王」，將史提爾擊敗，並揹著茵蒂克絲從宿舍逃脫。

上條將負傷的茵蒂克絲帶往萌老師家，茵蒂克絲藉助萌老師施展「恢復魔法」治癒傷口。

7月21rì

上午——

茵蒂克絲甦醒，上條開始借住萌老師家裡讓她療養身體。

白井黑子從初chūn以及木山chūn生處調查到「幻想御手」的實體是音訊軟體，於是前往某交易地調查。

在交易地出現的佐天被不良混混抓住，白井及時出現並與不良們展開戰鬥。

白井用摧毀廢棄大樓的辦法戰勝了擁有「偏光能力」的不良頭目。

7月24rì

上午——傍晚

佐天的友人因使用了佐天提供的「幻想御手」而陸續昏迷，佐天淚子在與初chūn通電話後也陷入昏迷，全員被「冥土追魂」的醫院收治。

趕到醫院的美琴與白井從「冥土追魂」處得知需要用木山chūn生的腦波來製作「幻想御手」，判明犯人。

前去與木山chūn生談話的初chūn無意中發現她的秘密，被木山帶走。

木山利用「幻想御手」所得到的「多重能力」，將攔截她的jǐng備員全部擊潰。美琴趕到出事現場與木山對峙。

在交戰中，美琴慢慢得知了木山chūn生的過去。隨後的交戰過程中，從木山chūn生身體之中洩露的AIM擴散力場形成了一個形似胎兒的迷之生物體「幻想猛獸」。

美琴與處於暴走狀態中的「幻想猛獸」交戰。

初chūn飾利在jǐng備員的幫助下播放木山給予她的「幻想御手治癒音訊程式」，「幻想猛獸」防御能力被瓦解。

變弱的「幻想猛獸」最終在美琴的「超電磁炮」攻擊下消失。

木山chūn生被逮捕，因「幻想御手」而昏迷的人群全部甦醒，「幻想御手」事件結束。

初chūn去醫院看望已經甦醒的佐天淚子。

晚上——

茵蒂克絲痊癒，上條決定帶她去澡堂洗澡。

在去澡堂的路上上條初次遇到了同樣前來追捕茵蒂克絲的魔法師神裂火織。

上條在與神裂的交戰中敗北，被神裂擊暈。

「幻想猛獸」戰鬥結束八時後，美琴與白井因違反宿舍的門禁時限被常盤臺中學宿舍的舍監逮住。

7月25rì

作為違反門禁的處罰，美琴與黑子兩人負責打掃學校的游泳池。

7月26rì

女殺手史蒂芬妮哥傑斯巴萊斯否定同行砂皿緻密的狙擊暗殺風格。

7月27rì

晚上——

昏迷三天後的上條當麻甦醒，並從神裂和史提爾口中得知午夜時分將要消除茵蒂克絲的記憶。

心有不甘的上條從萌老師通電話中得到啟示，解開暗藏在茵蒂克絲大腦中的秘密。

7月28rì

午夜（00：00——）

上條將茵蒂克絲口中的魔法符文破壞，「自動書記」啟動，開始cāo縱茵蒂克絲用魔法攻擊上條。

茵蒂克絲釋放的魔法「龍王的嘆息」將漂浮在宇宙的人造衛星「織女一號」摧毀，搭載在衛星內的超級電腦「樹狀圖的設計者」同時被毀。

在史提爾以及神裂的幫助下，上條終於摧毀了控制茵蒂克絲的「項圈」，不過他卻從此失去了過去的所有記憶。

下午時分

上條在醫院內與醫生「冥土追魂」談論自己的事情。

七月、第四個星期五。

狙擊手砂皿緻密替完不成暗殺任務的史蒂芬妮哥傑斯巴萊斯善後。

8月1rì

運送衛星燃料的貨車被恐怖份子遠端遙控，事件開始。

因為同樣的任務要請下，jǐng備員黃泉川愛穗與風紀委員初chūn飾利合作確保貨車以及司機的安全。

狙擊手砂皿緻密接受委託，使用反戰車步槍破壞了貨車必定要前往的橋樑。

在初chūn以及黃泉川的努力下，貨車安然無恙。

事件結束時，美琴和白井正準備去逮捕幕後主使者。

8月8rì

上條和茵蒂克絲一起去購買參考書，中途遇見自己的同學藍髮耳環。

三人於是又去冷飲店吃東西，在店內與穿著巫女服的少女——姬神秋沙相識。

史提爾馬格努斯透過「空間移動」能力者來到了一棟沒有門窗的大廈，與學院都市統括理事長亞雷斯塔克勞利會面。

在冷飲店內的姬神向上條借錢，隨即被幾位黑衣人帶走。

史提爾馬格努斯找上上條，並要求他一起去解救被關押在三澤塾補習班的姬神秋沙——擁有「吸血殺手」能力的少女。

兩人進入三澤塾補習班並將煉金術師奧雷歐斯伊薩德的「分身」擊破，但卻被真正的伊薩德用「金sè大衍術」消除部分記憶。

茵蒂克絲出現在三澤塾補習班，被伊薩德帶走。

上條在「幻想殺手」作用下恢復記憶，並在補習班外圍目睹羅馬正教騎士施展的魔法「葛利果聖歌」被伊薩德用「金sè大衍術」反彈。

上條和史提爾回到三澤塾補習班與伊薩德進行最終戰鬥，上條右手被斬斷，從斷腕處出現的「龍王之首」致使奧雷歐斯伊薩德敗北。

8月9rì

上條的右手被醫生「冥土追魂」接回，史提爾和茵蒂克絲來看望他。

上條從史提爾處得知奧雷歐斯伊薩德從此失憶，但卻被史提爾用火焰進行了整容以躲避追殺，從此踏上新的生活。

8月10rì

美琴作了一個關於自己幼年時提供DNA樣體的夢。

某位少女在第七學區的巷內到處散發銀行卡，被無能力者們盯上，但被少女用「壽命中斷」（實際上只是言語暗示）鎮壓。在一旁觀戰的美琴透過駭客手段瞭解到這名少女的資料：長上機學校三年級學生布束砥信。

為了解除心中的疑惑，美琴半夜潛入樋口製藥?第七藥學研究院。在研究院的電腦中發現與自己有關的「量產能力者實驗計劃」已被凍結。

美琴放心的離開後，某位「妹妹」出現並將資料全部刪除。

8月11rì

美琴與黑子談論自己的煩惱已經消除了。

8月15rì

早上——

美琴與一名妹妹（9982號）偶遇。

從談話中美琴得知某個「實驗」的存在以及一個「暗號」，並帶著妹妹（9982號）遊玩半天。

晚上——

兩人分別後，妹妹（9982號）在巷內與某位白髮少年見面。

（21：00——），第九九八二次實驗正式開始。

美琴透過初chūn的幫忙解開「暗號」，並得知了「絕對能力進化實驗」的存在。

趕來的美琴在實驗現場目睹妹妹（9982號）被白髮少年殺害，悲憤之餘的她向那位白髮少年發起攻擊。

白髮少年的能力使美琴的攻擊全部無效，連必殺技「超電磁炮」的攻擊都被反shè。

在白髮少年發動攻擊前，大批妹妹趕來並阻止了兩人繼續戰鬥，白髮少年受到jǐng告後離開。

離開時，白髮少年向美琴告知了自己的名字：一方通行。

8月15rì——18rì

美琴與布束砥信再次見面，表明自己不會就此屈服的決心。

美琴大肆破壞與「絕對能力進化計劃」有關聯的研究設施。破壞活動引起了實驗計劃高層的關注，並僱傭暗部「ITEM」來進行防禦。

「ITEM」成員之一的弗蘭達在研究場所內埋伏潛入的美琴，遭到美琴的反制，兩人追逐至一個封閉的空間內。

布束砥信被邀請來到了「腦神經應用分析所S處理社」（與「實驗」有關一處實驗所），發現研究人員正在將所有的研究資料進行轉移。

在弗蘭達的爆破技藝以及欺騙戰術的壓制下，美琴的能力被迫封鎖，遭受弗蘭達使用格鬥技的打壓，但最後還是化險為夷。

正準備審問弗拉達的美琴被趕來的「ITEM」另外兩人：麥野沈利以及滝壺理後逼退到通風管道內。

在實驗地另一處的布束砥信正準備趁亂進行妨礙「實驗」的工作，被早已埋伏好的「ITEM」成員娟旗最愛捕獲。

在麥野沈利以及滝壺理後的雙重配合之下，美琴漸漸被逼入絕境。

察覺了美琴真實身份的麥野在虛榮心的驅使下，支走了弗蘭達以及滝壺兩人，自己獨自留下來想擊敗美琴。

美琴依靠弗蘭達遺留下來的人偶炸彈以及陷阱，將麥野擊退，並且成功的摧毀了設施內部的電腦後逃脫。

時間不明(推斷為8月19rì）

在深夜使用「鋼鐵破壞者」狙擊一方通行的妹妹（番號不明）被一方通行所殺。

8月20rì

上午——

在公園的上條購買飲料的兩千rì元（紙幣）被自動販賣機吞掉，路過的美琴使用能力幫忙但卻拉響了jǐng報。

上條先後認識了美琴的學妹白井黑子以及美琴的「妹妹」——御坂妹。

下午——

分別後的上條又在路上偶遇到另一位妹妹（番號不明），「妹妹」幫助他搬運大量的飲料瓶回宿舍。

在宿舍內，上條與「妹妹」見到了土御門元chūn的義妹——土御門舞夏。

在家門口見到正在為三sè貓斯芬克斯除蝨子的茵蒂克絲和姬神秋沙兩人，「妹妹」用能力替她們解決了這個問題。

8月21rì

上午——傍晚

補習課後想回家的上條在路上碰到了憂鬱的美琴，兩人談論了關於超級電腦「樹狀圖的設計者」的話題後分別。

上條又在路上偶遇見想要收養黑貓的妹妹（番號不明），帶著她一起去買飼養寵物的書。

上條在買書期間，妹妹在外面的巷內與一方通行戰鬥，被殺害。

從店內出來的上條在巷內找到妹妹的屍體，於是趕緊通報jǐng備員，可是屍體卻在這期間消失。

充滿困惑的上條在巷深處見到了長著同樣模樣的數十位「妹妹」以及被殺害的那位妹妹屍體。

妹妹們在確認上條無事後先行離開。

晚上——

為了探尋究竟，上條前往常盤臺中學宿舍尋找美琴，被白井黑子接待。

白井因為舍監的出現而讓上條躲在床底下，離開房間。

在床底下的上條發現了暗藏在公仔熊內的「絕對能力進化實驗」資料，讀完資料後他開始尋找美琴。

在大橋上找到美琴的上條為阻止美琴犧牲自己拯救妹妹的計劃而受到她的強力電擊，最終昏倒。

御坂妹（10032號）開始前往第一○○三二次試驗地。

甦醒的上條服美琴，一個人前往第一○○三二次實驗地：位於都市西部郊區的派車場。

（20：30——），第一○○三二次實驗正式開始。

受到一方通行攻擊的御坂妹（10032號）被出現的上條解救，上條與一方通行開戰。

隨後趕來的美琴向妹妹（10032號）求助，利用分佈在全都市的所有妹妹們合力消除了一方通行用能力製造出來的電漿體。

在妹妹的幫助下上條打敗一方通行，「絕對能力進化實驗」計劃從此以後被永久xìng凍結。

8月22rì

深夜——下午3

上條在病房內甦醒，御坂妹（10032號）、美琴、茵蒂克絲三人先後來探望他。

8月、第四個星期五

四位妹妹因為戀愛占卜的事情吵翻天，妹妹（10090號）在談話中透露天井亞雄製作的妹妹（00000號）行蹤不明。

8月27rì（根據第四卷內容推測）

rì本神奈川縣某海邊

上條和茵蒂克絲以及上條的雙親入住海邊旅館「海神」，上條的表妹龍神乙姬半夜才入住。

魔法「天使墜落」發動。

8月28rì

早上——

上條起床後發現旅館內除自己和父親外，所有人的樣貌都改變了。

英國清教『必要之惡教會』的魔法師神裂火織和土御門元chūn出現，並向上條明現狀。

晚上八——

上條帶著神裂去見自己的家人，並在無意間撞見沐浴中的神裂。

逃獄犯火野神作從地板下出現並襲擊上條，俄羅斯成教的魔法師「米夏克洛伊潔芙」亂入並擊退了火野神作。

8月29rì

早上——

上條從新聞中發現火野躲在了自己的老家。

上條、神裂、土御門、「米夏克洛伊潔芙」四人趕到上條老家，將火野神作擊倒。

上條從土御門的推論中得知啟動「天使墜落」魔法的犯人居然是自己的父親上條刀夜，「米夏克洛伊潔芙」於是先一步趕去排除犯人。

傍晚——

趕回旅館的上條見到自己的父親，「米夏克洛伊潔芙」出現並現出真面目大天使「神之力」。

神裂趕來牽制大天使的攻擊，上條帶著父親回旅館避難。

在旅館內出現的土御門將上條和刀夜擊倒，隨後使用魔法「赤術式」將上條老家（儀式現場）轟掉，因體內的排斥反應暈倒。

魔法「天使墜落」解除，大天使「神之力」回到上界，莎夏克洛伊潔芙重新取回身體。

8月30rì

茵蒂克絲郵購的預言書《馬拉奇的預言》送到了上條宿舍。

8月31rì（暑假最後一天）

凌晨（00：00）——下午（17：15）

半夜購物回家的一方通行將找他求助的妹妹（20001號）——最後之作帶往自己的住所休息。

上條半夜醒來，在茵蒂克絲撕咬中發現自己的暑假作業完全沒做，不幸的一天開始。

從宿舍中外出的御坂美琴遇見常盤臺中學理事長之孫——「海原光貴」。為了甩開煩人的海原，美琴抓住路過的上條當麻充當偽戀人。

真正的海原光貴出現在美琴面前，而偽裝成「海原光貴」的阿茲特克魔法師開始襲擊身旁的上條當麻。

兩人追逐至某工地戰鬥時，「海原光貴」被倒塌的鋼骨壓住。

「海原光貴」要求上條答應他的一個「約定」被躲在牆角的美琴聽到。（魔法師最後被上條交由土御門處理）

睡醒之後的一方通行將最後之作帶往餐廳吃飯，發現參與「絕對能力進化實驗」研究員天井亞雄在餐廳周圍徘徊。

一方通行吃完飯後將最後之作獨自留在了餐廳，自己則前往「絕對能力進化實驗所」。

神道教魔法師闇咲逢魔強行侵入學院都市。

下午——午夜（00：00）

到達研究所的一方通行從研究員芳川桔梗處瞭解到最後之作的特殊xìng以及天井亞雄最近的不穩定動向，於是決定回餐廳找最後之作。

上條帶著茵蒂克絲去餐廳吃飯，衝進來的闇咲逢魔將茵蒂克絲擄走，上條開始到處追尋他們。

一方通行回到餐廳，得知最後之作被天井亞雄帶走。

在「超能力者“超電磁炮”量產型開發計劃的研究所」門口，一方通行將最後之作腦中的所有電子病毒清除，但同時被天井亞雄shè成重傷。

暗咲逢魔佈置出「神樂舞臺」，企圖從茵蒂克絲腦中獲取魔導書《抱朴子》的知識。

從研究所及時趕來的芳川桔梗將最後之作收容到培養器中，與天井亞雄互相對shè至昏迷。

上條在大廈樓上發現受到魔導書侵蝕闇咲逢魔以及被綁住的茵蒂克絲，在得知闇咲擄人的動機後，上條決定幫助他解除他心儀女xìng的詛咒。（兩人在半夜從學院都市衝出去）

在醫院中甦醒的芳川桔梗從「冥土追魂」處瞭解到一方通行和最後之作無生命危險，不過一方通行卻必須依靠「御坂網路」的補助演算才能維持身體活動以及能力的使用。

9月1rì（開學式）

上午——

土御門被帶到亞雷斯塔的面前，向他通報同屬英國清教的魔法師雪莉克倫威爾侵入學院都市，但因為向亞雷斯塔提出由他來對付雪莉的建議遭到亞雷斯塔的反對，被困在無門窗的大樓內。

經過半宿才回家的上條趕到學校參加開學式。

萌老師在介紹新的轉校生（姬神秋紗）時，茵蒂克絲在此時亂入到上條的班級，不過很快就被萌老師趕了出去。

無所事事的茵蒂克絲在學校的食堂裡與自稱轉校生的風斬冰華成為朋友，不久之後就在更衣室與上條見面。

上條決定帶著風斬和茵蒂克絲去地下街遊玩。聽到姬神秋紗關於風斬冰華的傳聞。

侵入都市的雪莉克倫威爾與趕來阻擋的白井黑子交戰，白井在戰鬥中被雪莉召喚的石巨人艾利絲所困，最後得到了美琴的救援，雪莉趁亂逃走。

下午——

上條帶著茵蒂克絲和風斬來到學院都市的地下街遊玩。

不久之後，雪莉的攻擊致使地下街被迫封閉。困在裡面的上條三人與美琴、白井兩人相遇。

白井先行將美琴和茵蒂克絲用空間移動送到地面，上條和風斬兩人一起另尋出口。

風斬在與雪梨的遭遇戰中頭部受傷，但也使她瞭解到自己是非人類的事實。

上條在jǐng備員的協助下救回風斬冰華，將雪莉擊退，並得知雪莉的主要目標是茵蒂克絲。

留在地面上的茵蒂克絲與美琴分開，在某工地外遭到石巨人艾利絲的襲擊。茵蒂克絲隨即啟動「強制詠唱」進行反擊。

掉入地鐵道的風斬冰華趕去解救茵蒂克絲，被雪莉放走。隨後趕來的上條卻與雪莉對戰。

上條在激戰中將雪莉擊倒，趕往地面解救茵蒂克絲。

在風斬以及上條的努力下，石巨人被破壞，茵蒂克絲安然無恙。

被亞雷斯塔困住的土御門離開，走時還不忘jǐng告亞雷斯塔。

上條來到「冥土追魂」醫院檢查身體，留在外面的風斬冰華則向茵蒂克絲道別，隨即消失在好友面前。

9月3rì

美國西海岸（加利福尼亞州外海）人工島城市學芸都市

白天——

因為學院都市組織的廣域社會調查的活動，御坂美琴、白井黑子、初chūn飾利、佐天淚子四人來到了美國的學芸都市。

四人在島上與白人女導演畢芭利希斯露相識。

從海中突然出現的一架奇異的飛行器與學芸都市的空中防衛隊「拉碧塞飛行隊」進行戰鬥，美琴在其中使用能力保護普通遊客。

奇異的飛行器在戰鬥中被擊毀。

晚上——

對白天的事件充滿疑問的美琴決定去探索學芸都市的秘密。

美琴以及偶然跟著她的佐天兩人潛入到了影視設施「LargeLauncher（大發shè架）」內部，並見到了白天所擊毀飛行器「雲海之蛇」的殘骸。

兩人在設施內部遭遇「工作人員」奧莉弗赫麗德，不過奧莉弗卻遵照上層的指示將兩人放走。

9月4rì

白天——

在賓館內的美琴一早就受到白井黑子（穿著學院都市特製泳衣）的sāo擾。

獨自在外面的佐天淚子被「雲海之蛇」的駕駛員席琪桃爾抓住，受到她的威脅而去商店買泳衣。

買泳衣途中的佐天與畢芭利希斯露偶遇，最後在畢芭利的推薦下，佐天給席琪桃爾買了一件非常顯眼的寶石比基尼。

「雲海之蛇」再次襲來，席琪桃爾的同僚託琪託莉出現並將席琪桃爾帶回。

晚上——

美琴、黑子、白井三人品嚐著晚飯後的甜。

帶著對一系列事件的疑問，佐天淚子決定重回「LargeLauncher（大發shè架）」內尋求答案。

佐天剛要窺探到設施內部隱藏區域的時候就被「工作人員」奧莉弗逮住。

9月5rì

白天——

因為擔心徹夜未歸的佐天安危，美琴三人在擁有「讀心能力」的風紀委員幫助下得知了佐天的去向。

奧莉弗在上層的指示下準備將佐天淚子秘密「處理掉」。

在最危急時刻下的佐天被乘坐「雲海之蛇」而來的席琪桃爾所救。並告知佐天自己隸屬的組織（有翼者的歸還）即將利用「太陽之蛇（魔法兵器）」發動對學芸都市的毀滅xìng打擊。

晚上——

安然回到賓館的佐天在自己的房間休息，並將自己的所見所聞告知給了三人。

奧莉弗赫麗德帶領特種兵突襲了佐天的房間，不過卻被美琴和白井擊潰。

在美琴的請求下，奧莉弗答應疏散滯留在學芸都市的全部遊客。

學芸都市的高層「經營團隊」五人受到了亞雷斯塔的jǐng告。

9月6rì

避難jǐng報拉響，學芸都市的遊客開始登上大型救生艇「紅鮭」上逃亡。

學芸都市「拉碧塞飛行隊」與「有翼者的歸還」展開全面戰鬥。美琴和白井兩人則準備擊毀「太陽之蛇」。

在美琴與黑子的攻擊下，從天空俯衝而來的三架「太陽之蛇」被毀，但最後也是最具破壞力的第四架「太陽之蛇」卻從天而降。

在乘坐「雲海之蛇」席琪桃爾的攻擊下，美琴與被擊暈的黑子困在了一架處於下落中的「太陽之蛇」殘骸上面。

透過發動能力對水分子的cāo控，美琴成功的製造出了一對「水之翼」，並帶著白井脫離險境。

在空中的美琴追上席琪桃爾以及最後一架「太陽之蛇」，兩人隨即展開激戰。

在美琴一擊漂亮的「超電磁炮」攻擊下，最後一架「太陽之蛇」開始解體。

「太陽之蛇」所落下的殘骸致使身處地面的佐天淚子陷入危險，席琪桃爾見狀則駕駛著「雲海之蛇」趕去營救。

在佐天的懇求下，席琪桃爾放棄任務，和自己的同僚託琪託莉前去阻止其他同僚攻擊救生艇「紅鮭」的行動。

戰鬥結束後的美琴四人乘坐飛機離開了學芸都市。

不知何時，席琪桃爾與託琪託莉準備前往組織（有翼者的歸還）的審判庭，接受組織對兩人的審判。

9月8rì

上午——

英國倫敦聖喬治大教堂（英國清教「必要之惡教會」根據地）

英國清教第零聖堂區「必要之惡教會」最高主教——蘿拉斯圖亞特告知史提爾，亞雷斯塔所著的一本魔法原典「法之書」以及能破解此書的羅馬正教修女奧索拉阿奎納被rì本本土教派天草式十字悽教所劫走。另外，原擔任此教派的女教皇神裂也不知所蹤。

下午——

rì本東京學院都市第七學區

茵蒂克絲在與土御門舞夏的談話時被史提爾帶走，並留下字條要上條前往都市外面的廢棄劇院‘薄明座’遺址。

學院都市外部區域

在‘薄明座’遺址的史提爾以及茵蒂克絲兩人與羅馬正教派遣支援的修女雅妮絲桑提斯相見。

上條帶著在路上偶然結識的脫線修女奧索拉阿奎納趕往‘薄明座’遺址。

在遺址中的眾人相見，不過奧索拉阿奎納卻被突然出現的天草式劫走。

黃昏——

二十一名英國騎士派的騎士秘密登陸rì本海岸，但一上岸時就遭到了神裂火織毀滅xìng打擊，全員被擊暈，土御門隨後趕來善後。

晚上——

雅妮絲桑提斯帶領自己的羅馬正教修女部隊「雅妮絲部隊」進行整備，準備與上條等人突襲天草式要前往的特殊移動魔法“縮圖巡禮”的“渦”，解救奧索拉阿奎納。

晚上十一，營救計劃正式開始，眾人來到某遊樂園內與天草式十字悽教進行戰鬥。

戰鬥中，上條救出奧索拉阿奎納，並給她帶上英國清教的十字架。（奧索拉從此受洗禮，改信英國清教）

上條與史提爾合力打倒了天草式的代理教皇建宮齋字，戰鬥結束。

在建宮齋字的述下，上條對「雅妮絲部隊」救人的目的產生疑問。

由於提出想再見一面奧索拉阿奎納，上條、茵蒂克絲與露琪亞和安潔莉娜發生戰鬥，兩名修女戰敗後自行離開。

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9月9rì

清晨——

上條、茵蒂克絲、史提爾、建宮齋字四人各自分別，上條準備獨自前往未完工的「奧索拉大教堂」解救奧索拉阿奎納。

上條打破「奧索大教堂」的結界，史提爾、茵蒂克絲以及天草式的眾人趕到，並與「雅妮絲部隊」展開激戰。

戰鬥中，茵蒂克絲施展的「魔滅之音」壓制住了大部分的修女，但卻因羅馬正教的修女發動自殺攻擊戳破自己的耳膜而遭到反擊。

獨自一人從混戰中脫身的上條與「雅妮絲部隊」的首領雅妮絲桑提斯爆發激戰。史提爾的必殺技「獵殺魔女之王」經過天草式眾人的改進，足以壓制住其他的修女們了。

因為首的雅妮絲被上條擊倒，「雅妮絲部隊」眾人投降，戰鬥結束。