待得黑子野擊退疑似坂本辰馬的天道眾鬼後，仔細的思索一番後，將吉田松陽的真相告訴了坂田銀時、高杉晉助以及桂小太郎：500年前，龍脈的化身風神無用從風神道館藝成出山，遊歷幾年後以虛的名義投身於天道眾，並組建了暗殺部隊天照院，並擔任第一任首領，之後便一直連任，直到在二十多年前，他遇到了開山大弟子朧。

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在遇到年輕朝氣的朧後，虛的臉上露出了第一次笑容，同時也讓他對無盡歲月的厭倦，於是虛帶著朧離開了天照院，但朧為了掩護虛，自願被天道眾帶回去並繼任天照院首領。

之後虛化名吉田松陽，創辦了一家松下私塾，開始免費教學周圍的子弟讀書，此外他還在攘夷戰場上“撿”回了食屍鬼坂田銀時，將他帶回了松下私塾，並把自己的佩刀叛逆之刃送給了坂田銀時——坂田銀時一直隨身佩戴，直到開了萬事屋後，寄放在了“糖分”匾額後。

不久，吉田松陽的松下私塾又吸引了講武堂的高杉晉助和桂小太郎，於是在吉田松陽的魅力下，高杉晉助和桂小太郎二人與坂田銀時一樣成為了吉田松陽的學生，並成長為他最出色的三個弟子。

幾年後，坂田銀時、高杉晉助和桂小太郎三人陸續參加攘夷戰場，並在時至攘夷戰場中末期闖出了名頭：白夜叉、紫修羅以及狂亂貴公子。同時也結識了來自風神道館的黑子野太助，與土佐藩商家少爺坂本辰馬！

但是幕府迫於天人武力，宣佈開國投降並頒佈“廢刀令”，同時與天人聯手開始對攘夷志士們進行大清繳，由於‘白夜叉’等人的關係，松下私塾被火燒燬，吉田松陽被在第十三代將軍定定發動的寬政掃蕩中因涉嫌結黨營私而被幕府抓走。（松陽的死是天道眾暗中所為。）

另一邊，在戰爭中高杉晉助、桂小太郎被擒，坂田銀時在兩難的選擇中選擇了老師吉田松陽的意願，保護好同伴們，從而親手斬下老師的頭——但實際上吉田松陽並未因此死亡，其真實身份是不老不死之身的天照院奈落首領虛，並且復活了被黑子野太助殺死的朧。

之後不久，坂田銀時入獄，桂小太郎失蹤，高杉晉助去了宇宙開始組建鬼兵隊，而黑子野則跟著坂本辰馬在宇宙遊蕩一圈後，決定回到地球加入警察組織。

.......

在聽完黑子野陳述的真相後，坂田銀時、高杉晉助和桂小太郎三人一陣沉默，因為他們完全沒有想到事情竟然是這個樣子，於是在這種詭異的氣氛下，幾人各自散場。

接下來的四個月後，在10月份的時候，黑子野的月中購物廣場正式開業大吉，而他的折桂組也已經擴充到了一萬成員，而在此期間，黑子野和萬事屋也經歷了一些事件：比如芙蓉篇，柳生篇，真選組**篇，陰陽師篇等等——由於黑子野的存在所以這些事件的結果也都朝著美好的方向發展。

與此同時，宇宙第一海賊春雨的第一師團在師團長獅嶺的帶領下，正式進駐地球，並駐紮在歌舞伎町東區，並慫恿東天王孔雀姬綁架西鄉照彥，逼迫西天王西鄉特盛聯合起來，進攻歌舞伎町北天王泥水次郎長！

在此期間，南天王黑子野一直保持中立、並按兵不動，等到東、西、北天王打的不可開交的時候，突然聯合真選組警察以及天人正規部隊攻擊歌舞伎町東的春雨第一師團，於是乎第一師團全軍覆沒，師團長獅嶺被黑子野殺死。

而在此之前，黑子野也已經擺脫萬事屋將西鄉照彥救出來，緊接著黑子野便於西天王西鄉特盛內外夾擊，將東天王孔雀姬的辰羅部隊盡數誅殺，而孔雀姬則被黑子野當眾斬首！

然後黑子野把歌舞伎町東地盤據為己有，再一鼓作氣進攻頹勢已顯的北天王泥水次郎長，激怒了泥水次郎長的女兒泥水平子號召剩下的溝鼠組成員抵抗，但卻被泥水次郎長阻止了。泥水次郎長向黑子野表示自己已老，而且地球人不應該自相殘殺，決定將歌舞伎町北地盤、勢力和平交給黑子野。

但是泥水次郎長提出了兩個條件：第一，讓黑子野與泥水次郎長單獨決戰，只有打敗了他才有資格繼承歌舞伎町北。第二，讓黑子野在泥水次郎長退隱後，好好照顧他的女兒泥水平子。

於是黑子野以雙刀戰勝泥水次郎長，將歌舞伎町東、南、北三區地盤、勢力盡收麾下，而很快那毫無野心的西天王西鄉特盛也主動將地盤與勢力全盤交出，從此歌舞伎町所有地盤歸為黑子野，成為天帝！

至於那泥水平子，黑子野則將她委託給了萬事屋照顧，而銀時則轉而把泥水平子交給志村新八4小時貼身照顧——日後泥水平子和新八走到了一起，這卻是後話不提。

接著黑子野便著手清理、收編歌舞伎町裡的其他勢力，並把攘夷激進派“創界黨”眾人逐一斬首，接著與銀時、桂聯手把歌舞伎町地下城吉原攻破，打殘夜王鳳仙，把他揪出來在曝日下活活曬死。

之後，黑子野的折桂組開始一點一點蠶食歌舞伎町內的天人勢力，並暗殺天人大使館，最後在新年來臨前，將歌舞伎町的勢力被黑子野完全掌握在手中。（四大天王篇完結）

新年過後，黑子野與萬事屋合作解決了蓮蓬篇、荊棘與薔薇流氓篇、金魂篇、一國傾城篇、尾美一篇，將軍暗殺篇、死神篇等，同樣的，在黑子野強大的勢力作用下，一切都向著美好的結局發展，其中黑子野也一時順手把一橋派的德川喜喜宰了，所以徵夷大將軍還是由德川茂茂擔任。

在做完這些後，黑子野集結了歌舞伎町的所有勢力，吞併了整個江戶，把天人暗地裡的勢力全部驅逐，同時，在宇宙中的高杉晉助在得知真相後，也成功聯合春雨第七軍團團長神威，發兵消滅第八師團，而師團長勾狼戰死。

緊接著黑子野與高杉晉助合作，在天人正規軍以及接受幕府命令的真選組、巡警組的協助下，對春雨發動攻擊，消滅了除了二、三、四之外所有海賊師團，並殺掉了阿呆提督後，在洛陽星與三兇星的“冥王星”馬董、“天王星”範堺與“海王星”猩覺旗下的第二、第三、第四軍團決一死戰。

適時因為黑子野剿滅春雨，大大損害了與春雨有所勾結的天道眾利益，於是派十二天道眾之一、天照院奈落三羽之一的虛，以及奈落三羽之二的朧和鬼（坂本辰馬）協助春雨對抗黑子野的聯合軍隊。

而黑子野這邊陣營也引來了宇宙怪獸獵手神晃的加入，於是兵對兵、將對將，雙方在洛陽星球展開一場廝殺：坂田銀時VS馬董，桂小太郎VS猩覺，高杉晉助VS範堺，黑子野太助VS鬼（坂本辰馬），神威VS朧，神晃VS虛。

至於神樂和已成長為“劍八”的新八，以及今井信女則在一旁協助神晃對付虛，這場戰爭整整持續了三天三夜，並以黑子野陣營大獲全勝結束：三兇星馬董、猩覺和範堺身死，朧被神威打爆腦袋，之後便被黑子野斬首，而鬼（坂本辰馬）恢復記憶，繼而聯手圍攻虛，而虛也果斷逃遁。（春雨篇完結）

...........

回到地球，坂本辰馬將他所在天照院瞭解的訊息分享給了黑子野幾人：原來天道眾十二人乃是京都天皇的顧命大臣，揹著天皇與太子結黨營私，勾結天人與海賊，並暗中操控幕府討伐武士，一切都是為了穩固他們的利益！

而太子之所以派人追殺黑子野太助，那是因為他乃是在京都後宮“二後奪嫡”之變的失敗者中山慶子的兒子，也就是當今天皇的第二皇子祐宮！

而在二後奪嫡之變中，中山慶子一脈所有血親盡數被皇后誅殺，唯獨年幼的黑子野太助被他的授業師父飛天御劍流第十二代繼承人比古清十郎所救，但奈何追兵實在太多，於是比古清十郎隻身引開追兵，而二皇子祐宮則被他藏起來——而他所在的位置赫然就是風神道館的附近，於是便被風神無敵收為風神流第三十六代弟子，命名為黑子野太助。

在得知這個真相後，黑子野決定一不做、二不休，直接揮師北上，打著“清君側、鋤奸逆”的旗號，開始招收義軍，準備攻打京都，同時他自己則帶著敢死小隊直搗黃龍，潛入京都將太子黨與天道眾一幹人等盡數斬首示眾。（天道眾篇完結）

而在此期間，黑子野也和授業師父飛天御劍流第十二代繼承人比古清十郎

相遇：比古清十郎將飛天御劍流傳授給了黑子野的同時，也把鬼武三刃最後一把“人生”以及白底紅邊的御神袍統統留給了黑子野，而黑子野也在征討太子黨的路途中，救下了一個叫做緋村心太的小孩...

最後，黑子野順利為他在皇室中正名，恢復了皇子祐宮的名號，但不久他便被天皇賜名“睦仁”太子！並在天皇突然暴斃後，一舉問鼎天皇之位，史稱“明治天皇”。（未完待續）