原本中原諸軍，左良玉獨大，熊文燦不通軍務，領軍作戰常常授權於左良玉，命其統帥諸軍，因此左良玉可以說是半個總理了。而且左良玉善於撫軍，既有權略又有將略，能儲存全軍於百萬流寇之中然後常常打勝仗，又能為諸軍爭取利益於朝廷，諸軍將領皆樂於為其效力。曾經左軍與熊文燦中軍發生衝突，雙方各有死傷，左良玉親自找熊文燦告狀，說左軍上下衝殺在第一線，而中軍只在後方護衛，總理如果賞罰不公將會軍心不穩。迫使熊文燦將其從廣東帶來的中軍全部遣回，從此之後更加倚重左良玉。
其他中原各將，羅岱勇則勇矣將略不足，能為戰將不能為統帥，更何況資歷太淺，之前一直就在左良玉麾下任先鋒副將。陳洪範太過老邁腐朽，事實上劉重元選定取代他的將領已經在路上。至於龍在田畢竟是土司將領，中原將領不可能服氣，其他的劉國能等人出身流賊，至少短時間內鎮不住場面。
因此，從一開始，劉重元就引入了尤世威、尤世祿兄弟來中原，以制衡左良玉，不讓其一家獨大。尤氏兄弟資歷老有戰功，無論從哪方面都能與左良玉相抗衡。
而且左良玉與尤世威還有一段淵源。崇禎三年，左良玉因為寧遠兵變由遼軍都司被貶為普通軍校，在昌平巡撫候洵麾下做親軍，而當時的昌平總兵正是尤世威。候洵賞識左良玉多力驍勇能騎善射，準備提拔，正巧崇禎四年東虜兵圍大凌河，朝廷令候洵組織援軍，尤世威需要鎮守昌平皇陵走不開，於是順水推舟舉薦了當時尚為小兵的左良玉破格擔任副將統領三千部隊救援大凌河城，從此左良玉才算是開啟了統軍生涯。因此，從這個角度，尤世威算得上是左良玉的大恩人，讓別的將領來分左良玉的權，即使是祖大壽來，左良玉都會有意見，唯獨尤世威，左良玉不能有任何意見。
這樣一來，劉重元麾下，尤氏兄弟與左良玉雙雄並立，其他龍在田、陳洪範、羅岱和劉國能各自獨立領軍，俱聽令於劉重元，便於其指揮，再加上總理本身的人事權和糧餉權利，足以制衡各軍。
接下來，按照劉重元的指示，各軍將分撥來的投降流寇，全部打亂編制，按照州縣籍貫在分別編組成營，讓一個營內的士兵儘量來自同一個縣，如果來自同一個縣的人數不足，那就來自同一個州府。這樣一來一營之內的將士俱為老鄉，同氣連枝，一個方便管理，另一個也更加團結，增強凝聚力。
這一措施，深得官兵們的歡迎，號令一下，紛紛結隊成群的到各營尋找親戚、同鄉，一見面頓時抱在一起哇哇大哭，一敘數年別離之情。原本投降的流寇將領們普遍不願意麾下部隊被分拆，不願意多年跟隨自己作戰的老卒七零八落，奈何官軍大軍環伺，劉重元屢屢大勝聲望正高，軍令一下，只要左良玉和尤氏兄弟沒有異議，誰也沒有置喙的餘地。
這些個將領們還想設定絆子鬧出事兒來，以阻止這條瓦解他們根基的軍令，可是軍令一下，軍兵們歡呼雀躍之情，讓所有的反對都煙消雲散。
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於是，四千多名延安籍的士兵，被分劃成兩營，名為延安左營和延安右營，分別以延安籍的署理參將李萬慶和署理遊擊王國寧統領之，並分別歸屬尤世威和尤世祿。
一千多名清澗籍官兵，被統一到一個營，名為清澗營，由清澗籍的惠登相以署理參將統領，歸屬尤世威指揮。
兩千多名米脂籍官兵，也被統一到一個營，名為米脂營，有米脂籍的署理遊擊賀一龍統領，歸屬尤世威指揮。
其他陝西的延川、安塞、吳起、宜川等縣官兵，紛紛組織成營，分別列入尤氏兄弟麾下聽令指揮。一時間，尤氏兄弟大軍營地裡，陝西話的鼓噪聲吵吵嚷嚷，像是過年一樣熱鬧，官兵們興高采烈的進行整編移營，短短五天之內，尤氏兄弟麾下就基本成軍，各有前後左右四營，由降將們指揮，其中軍由最精銳的家丁營組成。
左良玉所部幾乎沒有大動，不過他作為總兵，麾下兵力居然達到兩萬四千人，僅從編制上也不好向朝廷交代，因此，劉重元與左良玉商量後，提升此次作戰有功的盧光祖、金聲桓、李國英三人位署理總兵，分別統領五千人馬，仍在左良玉麾下歸其指揮。
其他龍在田、羅岱也都被提升為署理總兵，各領其眾。
至於數千壯勇，劉重元全部併入督標營，由自己親自指揮。
劉重元督促各部進入戰備狀態，修理增補兵器，操練兵馬準備作戰，東虜已經突破長城燕山一線進入京畿，隨時會接到朝廷的勤王詔令。眾將領轟然應諾。
此番與東虜作戰，不同於剿滅流寇，東虜的作戰能力非常強大，這尤氏兄弟、左良玉、羅岱等將領都曾經在遼東與東虜打過仗，是深有體會。劉重元提出明號令、重軍紀、強偵查、練厚陣的訓練方針，得到了眾將領的一致認可。
所謂明號令，是針對當下大軍混雜，投降的流寇過多而來。這些流寇出身的官兵，雖然富有戰鬥經驗，但是缺少正規作戰經驗，常常有利則動無利則遁，這在流寇時期沒什麼大不了的，但是再面對東虜這等強敵時，對陣之時哪一軍要是先逃了，那可就是動搖全域性了。所以說大兵團作戰，紀律最重要。當下最要緊的就是要明號令重軍紀，要讓全軍上下將軍法如山這四個字刻到骨子裡。
至於練厚陣，也是根據當下大軍素質不高戰鬥力弱於東虜，甚至弱於普通明軍來的，只有結成厚陣，以層層疊疊的火器、刀槍組成有縱深的大陣，才能抵擋的住東虜銳利的進攻，不至於因為一處陣線的崩潰造成全域性的崩壞。這也是明軍對抗東虜血的經驗教訓。
強偵查為什麼要單獨提出來呢？將領們都知道偵查的重要性，孫子曰：知己知彼百戰百勝，知己而不知彼一勝一負；不知彼不知己每戰必貽。這話總結的有些籠統，劉重元就想過，如果兩軍對陣，一軍知己知彼，另一軍知己但不知彼，那兩軍對陣勝負幾何呢？玩笑了。
為什麼要強調偵查？因為面對東虜，明軍的偵查工作實在是太不給力了，或者說東虜的戰場偵查工作做得太出色了。脫胎於漁獵的女真人，從一開始就十分重視戰場偵查，早在八旗軍建立初期，努爾哈赤就親自充當戰場偵查員，在攻打明朝城池時也善於利用蒙古人搜集情報，取得了一系列成功。黃臺吉繼位後對八旗軍偵查兵的使用升到了戰略高度，在多次大戰中利用偵察兵取得了不少絕密情報，並對明軍進行了資訊封鎖。在著名的大凌河之戰前，八旗軍以嶽託等人的部隊為主建立了龐大的偵查、封鎖網路。八旗軍一方面偵查明軍動向，一方面大肆捕殺明軍偵察兵，造成明軍的戰場黑洞，因此，與東虜作戰，明軍往往變成瞎子，不知東虜何人領軍，不知東虜往來何處，不知東虜戰略目標。
而為了進一步提高戰場偵查能力，每個牛錄精選出十人組成巴牙喇兵，也就是護軍作為他和其他王公大臣的護衛，又從巴牙喇兵中進一步精選出作戰經驗豐富的精銳組成巴牙喇前哨兵，專門負責戰場上偵查和截殺對手的偵察兵。
遼東明軍不是不知道東虜的這套戰術，也不是不知道偵查的重要性，但是奈何能騎善射的精兵那都是寶貝，往往都是將領們重金招募的蒙古家丁，是將領們戰場上的最大依仗，戰場有利時作為核心預備隊發起致命一擊，不利時也能護衛著將領們逃跑，因此怎麼捨得投入到看不到戰果而又戰死率極高的偵查行動中呢？
針對這一狀況，劉重元與尤氏兄弟、左良玉等將領反覆商議，決定各營都要抽調精銳敢戰、弓馬嫻熟的勇士，以每營一百人為限，組成前鋒隊，配備最精良的武器和最好的戰馬，專司戰場偵查，同時獵殺東虜的偵察兵。
為了進行專業的訓練，各營的前鋒隊集結起來統一訓練，由羅岱負責，羅岱作戰勇猛，在遼東做過夜不收，有豐富的與東虜進行偵查與反偵查絞殺作戰的經驗。
時間不夠，其他的戰術動作估計來不及訓練了，暫且把這幾項練好，總能立於不敗之地吧。劉重元只能這樣安慰自己。
在反覆督促各營加緊訓練的同時，劉重元也寫奏章給皇帝和楊嗣昌，報告當下中原剿匪軍的狀況：在擒拿張獻忠，迫降羅汝才並招撫李萬慶之後，中原的流寇只剩下革左五營這一大股，為了對抗東虜策應直隸的安危，他決定將革左五營交給湖廣巡撫、安慶巡撫和梅之煥去對付，他自己率領大軍進抵開封，隨時準備率軍進入直隸勤王。
不過當下大軍兵雖眾，確是魚龍混雜，有一大半都是投降的賊寇，軍心未附，驟然北上直隸對抗東虜，恐怕有譁變潰散的風險，因此劉重元請求朝廷讓他在開封駐軍三個月，讓他進行強化訓練，同時也可以作為南線守住河南和山東，防止東虜進一步擴大劫掠。
此外，最重要的是，劉重元希望朝廷能夠為大軍發糧發餉，還要準備棉衣等後勤物資，以解燃眉之急。大軍即將與東虜大戰，無論從哪個角度，都必須拿出點兒東西來讓軍心歸附朝廷啊！
當下，中原大軍糧食僅有河南巡撫準備的一點兒，只夠十天半個月所需，這個必須儘快解決，一旦斷糧就有譁變的危險。餉銀除了原來一萬餘人有兵額能夠領到軍餉之外，其他六萬人都沒有軍餉，現在大戰在即，要人賣命總要發點兒錢吧。然後就是裝備彈藥這一塊兒，哎，從兵部出來的，劉重元如何不知道朝廷也沒有多少，但是七萬大軍總要兵刃才能作戰啊，不要肯定沒有，要了說不定能撥來一點兒，劉重元就乾脆提出，希望能夠授權他擇地建設兵工廠打造兵器。
以上種種，忙得劉重元是腳不沾地，乾脆就在大營裡設定總理衙門，他每天就睡在大帳裡，每天騎馬巡視大軍。