希魯魯克暗中懇求朵麗兒醫娘收留喬巴，朵麗兒醫娘原先以為希魯魯克在開玩笑而將他趕出去，事後她卻發現似乎有些不對勁，並趕到希魯魯克家時，家中只剩下喬巴在休養，希魯魯克為醫治生病的"醫生20"已經動身前往磁鼓國的城堡，喬巴得意洋洋的拿出阿密烏菇，告訴朵麗兒醫娘他用這個治好了希魯魯克的惡疾，反被狠狠訓了一頓，原來喬巴歷經千辛萬苦找到的"阿密烏菇"，其實是一種劇毒菇。希魯魯克明知道喬巴弄錯了，但為了感謝他的心意以及不忍心讓他失望，明知道是劇毒菇仍然喝下了阿密烏菇煮成的湯，因此反而縮短了他的性命，使得原本不到10天的壽命縮短只剩下半天可活。希魯魯克趕到城堡後，發現醫生20生病的訊息是磁鼓國國王瓦爾波設下誘捕的陷阱，但他為此對國家沒發生任何大事感到相當高興，他深信自己就算死了也能夠醫治國家的惡疾，隨後大喊著"我的人生...真是的太美好了"並飲下裝設**的酒自殺身亡，瓦爾波看到這樣的結果，內心不但沒任何慚愧之意，反而將希魯魯克的死視為一個大笑話，令目賭一切的喬巴相當震怒，於是衝向瓦爾波的軍隊打算和他們玉石俱焚，被瓦爾波的幹部之一多爾頓給阻止。多爾頓為瓦波爾的所作所為跟喬巴道歉，也表示不希望再看到任何像希魯魯克一樣為了國家和平而犧牲的人喪命，喬巴才終於打消為希魯魯克報仇的念頭。希魯魯克過世後，喬巴繼承了他的遺志，立志成為能夠醫治所有疾病的萬能藥，並向朵麗兒醫娘學習醫術。

初次登場

正在載入託尼.託尼·喬巴

喬巴的初次登場，是和庫蕾哈醫生一同到磁鼓島的城鎮"凱斯特"尋找病患的時候，後來因協助治療感染病毒的娜美，及身受重傷的路飛和山治而首次接觸草帽海賊團。在與病癒的娜美談天時，喬巴流露出對海賊的憧憬，娜美因此邀請他以醫生的身份加入，但他卻以"自己是馴鹿，不能跟人類在一起"的理由推卸了。庫蕾哈醫生聽到他們的對話，將喬巴的身世及想尋找夥伴的心結告訴娜美，並希望他們能治好他長久以來的"心病"。

路飛在打倒瓦爾波後，多次邀請喬巴加入成為夥伴(但路飛並不知道喬巴是醫生，只因覺得他很有趣而已)，但喬巴的內心卻一直交戰著，反覆認為自己是馴鹿所以沒資格加入。經歷一整天的"邀請"與"逃避"，路飛使盡最大的嗓子對喬巴喊叫："少囉唆，跟我們走就是啦！"，這一喊不但沖走了喬巴的猶豫，也給予他出海的勇氣。在向庫蕾哈醫生道謝以後，喬巴便隨著草帽海賊團離開，並正式成為他們第六位夥伴。

喬巴的成長經過及加入草帽海賊團這段故事，曾被改編、重新製作成劇場版《OHE MOVIE 喬巴身世之謎：冬季綻放、奇蹟的櫻花》。

阿拉巴斯坦篇

阿喬巴與烏索普聯手擊敗Mr.4與Miss聖誕節雙人組，當路飛在祭葬殿擊敗了當時的王下七武海之一的沙·克洛克達爾之後，路飛利用自身的能力特性，將索隆與喬巴一起帶回地表和其他人會合。而妮可·羅賓在前進梅麗號現身時，喬巴雖然一開始對羅賓有著幾分畏懼，但因為羅賓利用"花花果實"的能力對路飛開玩笑，使得烏索普與喬巴跟著路飛起鬨大笑之餘，對羅賓也不再像先前那麼顧忌。

空島篇

喬巴戰勝了四神官的涅盤，卻接連敗在四神官之一的歐姆和艾尼路手上。爾後在長環島與福克西海賊團舉辦競賽時，喬巴和羅賓一度因為被對方選定為俘虜的船員，使得兩人只得在一旁觀賽，索隆更因為喬巴被對方選走講出的喪氣話出言訓斥他。由於路飛最後戰勝了福克西，喬巴和羅賓順利迴歸草帽海賊團。但後來草帽海賊團遇上了三大將之一的"青雉"庫山展開決戰不幸敗北，路飛、索隆、羅賓、山治更因此遭到凍傷，烏索普與娜美協助喬巴將凍傷的四人帶回前進梅麗號，而喬巴也在事後幫助四人處理凍傷的傷勢。

司法島篇

由於烏索普被弗蘭奇家族毆傷並搶走兩億貝里一事，喬巴跟著路飛、索隆、山治大鬧弗蘭奇家族的**為烏索普報仇。他和羅賓逛街的時候，最先警覺到羅賓失蹤的狀況，和山治再次遇到羅賓勸她歸隊，但因為羅賓堅持離開只得無功而返。在司法島事件中，索隆和狙擊王（烏索普）的手在戰鬥中不小心被"海樓石手銬"銬在一起而無法戰鬥，兩人要喬巴去找能解開手銬的"2號鑰匙"，喬巴卻在尋找鑰匙的途中意外捲入了娜美與CP9之一的偎取的戰鬥，而在同時，山治為了守住自己的騎士之道，被CP9之一的卡莉法擊敗，摔落在娜美與喬巴兩人的面前，喬巴讓娜美去找卡莉法，自己則是留下來和偎取戰鬥，但面對偎取壓倒性的力量，喬巴很快就處於劣勢，為了賭自己的勝算而吞下了第三顆"藍波球"，以暴走型態擊倒了偎取，但卻因此變的敵我不分，開始瘋狂攻擊自己眼前所看到的一切，後來弗蘭奇聽從娜美的建議，以一發"風來炮"將喬巴打落下海才解除了危機，從夥伴們救回羅賓到全員搭乘前進梅麗號逃走的期間，喬巴的身體一直處於動彈不得的狀態，司法島事件結束後，因為沒有任何海軍目擊到喬巴戰鬥而把他當成寵物，懸賞金只有50貝里，讓他很不能接受。

恐怖三桅帆船篇

喬巴對自己所崇拜的名醫霍古巴克玩弄生命的行為感到相當憤怒，並以自己的力量，成功讓殭屍辛朵莉身為人類時的心徹底反抗霍古巴克命令，路飛擊敗了"王下七武海"之一的月光·莫利亞後，同為"王下七武海"之一的"暴君"巴索羅繆·大熊奉世界政府之命要抹殺草帽海賊團，因為和夥伴拒絕交出路飛的人頭，被"熊的衝擊"擊中不省人事。

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香波地群島篇

在香波地群島和夥伴合力打倒了和平主義者PX-4，但已無力招架隨後出現的戰桃丸等人，並和路飛、羅賓一組，打算逃出無法地帶，眼看夥伴一個個被和平主義者PX-1擊倒而陷入恐慌，再度使用第三顆"藍波球"變成暴走型態，仍然被巴索羅繆·大熊的神秘能力彈飛。

與夥伴分散後的冒險

被彈飛的喬巴掉落到南海的"鳥類王國"特里諾王國，遭巨鳥從巢中踢走後被當地居民捕獲。在漫畫扉頁連載《喬巴可不是桌上佳餚啊混帳》中，差點被煮熟的喬巴成功脫險，同時目睹了巨鳥與居民的對戰。動畫版則加入了喬巴差點被島民當成火鍋時巨鳥們亂入，以及與巨鳥幼雛逃避當地居民追捕的情節。

待在特里諾王國期間，喬巴化解了村民與巨鳥之間的誤解，使大家和平共處；後乘騎巨鳥前往香波地諸島與夥伴們會合，途中卻從報紙中得知路飛在"大事件"後的訊息。在讀得"只有夥伴才能明白的訊息"後，為了汲取更多知識以獲取更強的力量，折返特里諾王國，向居民請教有關當地草藥的相關知識。